El desempeño académico del estudiante en la elaboración de su tesis se evalúa a través de dos instancias. Una mediante cuatro cursos obligatorios llamados Seminarios de Investigación, donde al estudiante se le proporcionan técnicas, estrategias y habilidades que le permitan elaborar su protocolo de tesis, dar cumplimiento a los objetivos propuestos, elaborar el manuscrito de tesis y dar a conocer los resultados de ésta. La otra forma de seguimiento es a través del comité tutorial, del cual es parte el director de tesis; al final de cada semestre el comité tutorial evalúa el avance de la tesis y hace las recomendaciones que permitan al estudiante el avance esperado para el siguiente semestre hasta la obtención del grado.

El cuerpo académico de la sede del programa asigna un consejero de estudios a cada aspirante aceptado, el cual debe ser profesor de tiempo completo (PTC) del Núcleo Académico Básico (NAB). Cuando el estudiante registra su tema de tesis, su consejero de estudios pasa a ser el director de tesis. Un estudiante puede tener hasta dos directores de tesis, ambos PTC del NAB, o un PTC del NAB y un profesor de la sede del programa no miembro del NAB, o un PTC del NAB y un profesor externo a la sede del programa. El número de PTC del NAB se ha incrementado en los últimos 5 años, de 29 en 2011 pasó a 43 en 2015. Es importante resaltar que parte del incremento de PTC del NAB, fue por la incorporación de nueve profesores del programa cátedras CONACyT. Estos profesores son actualmente directores o codirectores de alumnos del posgrado, y darán seguimiento puntual a los proyectos de tesis que están desarrollando.

El seguimiento del trabajo de tesis por parte del director es continuo hasta la obtención del grado e inicia cuando el estudiante elabora su anteproyecto de investigación como requisito para ingresar. Por su parte, el comité tutorial evalúa el avance de tesis mediante un examen público y abierto al final de cada semestre. Las recomendaciones sugeridas por el comité tutorial al final del examen deben ser atendidas por el estudiante en el semestre siguiente y presentadas en su siguiente evaluación. Por otro lado, la sede del programa cuenta con un seminario institucional que se realiza cada semana, en él los estudiantes del programa participan, de manera frecuente, como expositores para dar a conocer los avances de su investigación al interior.