El CIIDIR Unidad Oaxaca cuenta con una biblioteca especializada y actualizada, según la naturaleza de sus Programas de Posgrado.

La Biblioteca, cumple con las normas de la Asociación de Bibliotecarios de Instituciones de Enseñanza Superior y de Investigación, está dividida en dos grandes secciones. La primera es un espacio destinado a los libros, tesis y revistas y la segunda es un área de consulta. El acervo con el que cuenta es impreso y electrónico, dentro del impreso está el monográfico (libros, publicaciones seriadas, y tesis) y dentro del material electrónico se cuenta con: bases de datos, e-Books y CD-ROMs. Se brinda servicio a estudiantes, profesores y al público en general en turno matutino.

El área del acervo bibliográfico cuenta con más de 6000 libros especializados y revistas científicas, más de 260 tesis de maestría y más de 30 tesis de doctorado.

Existe una sección especial de mapas y anuarios impresos y digitales del INEGI. Se tiene disponible el acervo de la red de bibliotecas del IPN y se han establecido convenios interbibliotecarios con la UNAM, la Universidad del Papaloapan y la URSE para el préstamo interbibliotecario.

Se utiliza el sistema integral para la automatización de bibliotecas Aleph 500 versión 22, con el cual, a través del módulo de Circulación de Usuarios, se tiene un control óptimo de los préstamos de material. Para el control de usuarios, se tiene una bitácora donde se lleva el registro. El área de consulta de la biblioteca es de 120 m², cuenta con 8 mesas de capacidad para 4 personas cada una, con dos Computadoras que tienen acceso vía internet. Hay 56 Anaqueles, con una capacidad aproximada para 250 libros cada uno.

El Instituto Politécnico Nacional ha concentrado en un repositorio institucional (http://www.ipn.mx/biblioteca/Paginas/repositorios.aspx) un catálogo en línea del acervo biblihemerográfico que se encuentra en las bibliotecas institucionales del IPN,  las tesis de las escuelas y centros de investigación, con la finalidad de tener a la mano y rápidamente un ejemplar en formato PDF digital de tesis de los niveles Medio Superior, Superior y Posgrado y que pueden ser recuperadas (texto completo), a través del catálogo en línea además de la biblioteca digital que permite encontrar recursos digitales dentro de las bases adquiridas en el CONRICyT.